生物画像データ解析トレーニングコース（BIATC）

例年11-12月頃に基礎生物学研究所にて開催。オンサイト形式（定員約16名）

主共催：バイオイメージング解析室・生命創成探究センター・ABiS

近年、顕微鏡やカメラの性能向上に伴い、多次元かつ大容量の画像データが得られるようになってきていますが、多くの生物学研究者にとって画像解析は難しい技法のひとつであると見做されている傾向があります。しかしながら顕微鏡の原理ならびに基礎的な画像工学に触れることでその障壁を引き下げることが可能となります。本トレーニングコースでは、実際に顕微鏡等の画像を扱っているが、その処理・解析については比較的初心者である生物学系の研究者の方々を対象に、「簡易な画像処理・解析は自分で遂行できるようになる」「技術的に高度な問題について専門家に適切な相談ができる基礎を体得する」ことを目指します。顕微鏡観察画像の画像処理・解析・定量の手法が適切か自信がない方、手動で行っているものを自動化したい、とお考えの方を対象に、実習を交えた講習を行います。最終日には受講者自身の扱っている画像データについて講師陣・受講者で議論する時間も設けます。

IMARIS Workshop（IMARIS-WS）

例年7月頃に基礎生物学研究所とサテライト会場（3か所程度）にて開催。前期（基礎編）、後期（応用編）それぞれ2日間程度。講義＋PC実習をメイン会場とサテライト会場をオンライン接続する形式（全会場の合計定員約20名）

主共催：バイオイメージング解析室・ABiS・Oxford Instruments・協力機関など

画像解析の基礎的な概念および顕微鏡画像取得の考え方の講義と、画像解析ソフトウエアIMARISの実践的な操作方法の実習を行います。これまでIMARISを使ったことが無い方は前期（基礎編）から受講して下さい。また、後期（応用編）は、すでに利用している方を対象として、より活用したり、新たな機能を知る機会にして頂けます。前期・後期共に受講することも可能です。会場は基礎生物学研究所（メイン会場）の他に、九州大学、京都大学などサテライト会場も設定します。

PythonAIプログラミング・トレーニングコース（PAITC）

夏ごろに基礎生物学研究所にて開催向けて企画中。オンサイト形式（定員16名程度）

主共催：AI解析室・データ統合解析室・バイオイメージング解析室

近年、生命科学においてデータサイエンスの重要性が増しています。すなわち、顕微鏡画像、トランスクリプトームといった多様な情報が取得可能になったことで、これらのデータを扱う技術、および、そこから生物学的に意味のある情報を抽出する技術が必要不可欠になりつつあります。さらに、深層学習AIの技術の急速な発展も相まって、上記の情報に対してAIを用いて研究するという論文が多数発表されるようになりました。一方で、生命科学系研究者の多くが、多量のデータを扱う技術や知識に疎いこともあり、必ずしも実験で得られたデータがデータサイエンスの土俵に効果的に乗っていないという現状があります。本トレーニングコースにおいては、生命科学系研究者が上記に関する基礎的な知識と技術を習得することを目指します。

具体的には、データサイエンスを実行する上での代表的な基盤であるpythonプログラミング技術、ならびに、その発展版としてAIの活用を指向した講義と演習を行います。また、既に開催実績のある「生物画像データ解析トレーニングコース」との連続的発展性を考慮して、AIを用いた画像解析をとりあげます。

これらの講義と演習を通して、基本的な解析は自身で実施可能な技術を習得するとともに、高度な解析については基礎的な知識を理解した上で専門家に相談できるようになることを目指します。