共同利用研究カテゴリ
統合ゲノミクス共同利用研究

【統合ゲノミクス共同利用研究とは】

基礎生物学研究所が運用している次世代DNAシーケンサーを使用したハイスループット遺伝子解析、および、大規模計算機システム（生物情報解析システム）を活用したゲノム関連データ解析を中心に、他研究機関の研究者あるいは所内の研究者が、超階層生物学センターのトランスオミクス解析室、データ統合解析室と共同して行う研究です。

(1) 提案代表者（代表者）

所外又は所内の研究者。

(2) 研究期間

1年以内。2年以上継続する場合、年度ごとに申請していただきます。

(3) 研究課題

主たる担当教員を以下のように配置しますが、研究課題に応じて柔軟に対応します。

Ａ．トランスオミクス（担当教員：重信秀治教授〔shige@nibb.ac.jp〕、吉田拓也特任准教授〔tyoshida@nibb.ac.jp〕）

当研究所のトランスオミクス解析室では、イルミナ社のNextSeq550とMiSeq、およびパシフィックバイオ社の Sequel IIe, オックスフォードナノポア社のMinION、GridIONの次世代DNAシーケンサーを運用しています。また高度なライブラリ調製やデータ解析のための設備も整備されています（ https://www.tof.nibb.ac.jp/ ）。

これらを活用して、実験計画からデータ解析まで緊密な連携の上で共同研究を行います。特に、既存技術では不可能だった興味深い生命現象へのアプローチや、次世代シーケンシングの新規応用法の開発に関する課題を歓迎します。生物種は問いません。また、ゲノムやトランスクリプトーム解析のみならず、次世代シーケンシング技術を使った多様なオミクス解析（例：エピゲノミクスやエコゲノミクスなど）や、質量分析装置を用いるプロテオミクスやメタボロミクスなど、多階層のオミクスデータを統合的に解析する課題も歓迎します。

Ｂ．バイオインフォマティクス（担当教員：内山郁夫准教授〔uchiyama@nibb.ac.jp〕）

当研究所のデータ統合解析室では、大規模な計算機クラスタ、共有メモリ計算サーバ、大容量ファイルサーバなどから構成される計算機システム（生物情報解析システム）を運用しており、このシステムを活用したバイオインフォマティクスデータ解析の共同研究を行います。研究目的に応じたリソース配分やソフトウェアの活用などを密接な相談の元に進めますので、計算機に不慣れな方の応募も歓迎します。また、既存のソフトウェアを利用したデータ処理にとどまらず、既存の方法論の改良や新たな解析アプローチの開発を含む研究や、公的データベースのデータをも活用した大規模なデータ解析、広く研究コミュニティに貢献する有用なデータベースの構築などの研究課題も歓迎します。

(4) 経費配分

共同利用研究の実施に必要な基礎生物学研究所までの交通費及び日当・宿泊料を本研究所の予算の範囲内において配分します。研究費の助成はありません。

また、過去に本研究所共同利用研究に通算して5年以上採択されている場合は、これまでの研究実績（成果論文の発表等）により、配分金額を調整する場合があります。